Ștefan Pănoiu a evoluat în zece partide pentru naționala U20 a României, fiind căpitanul „tricolorilor” în trei meciuri. De asemenea, noul jucător al Universității Cluj are o prezență în tricoul României U21 în preliminariile UEFA EURO U21.
Ajuns la Rapid la vârsta de 17 ani, Ștefan Pănoiu a debutat pentru prima echipă a „giuleștenilor” în sezonul 2019/2020 al ligii secunde. În sezonul promovării, acesta a evoluat în 26 de meciuri, marcând trei goluri.
În cele patru sezoane și jumătate petrecute la Rapid, Pănoiu a strâns 119 meciuri, dintre care 73 la nivelul Superligii, reușind să marcheze opt goluri și să ofere trei pase decisive.